Генетическая информация проходит ребенку в паре хромосом – один от отца и один от матери. PWS вызван генетическими изменениями вдоль раздела хромосомы 15 названных Прадер-Вилли критический регион. При нормальных обстоятельствах гены в этом регионе бездействующие, или заставленные замолчать, на материнской хромосоме 15, но активные на отеческой хромосоме 15.