Мечта о персонализированном лечении больных раком берет важный шаг вперед сегодня с запуском шведскими исследователями Человеческого Атласа Патологии. Изданный в Science1, Атлас основан на анализе 17 главных типов рака, используя данные от 8 000 пациентов.
Кроме того, новое понятие для показа терпеливых данных о выживании вводят, называют Интерактивными Диаграммами рассеяния Выживания, и атлас включает больше чем 400 000 таких сюжетов. Национальный супервычислительный центр использовался, чтобы проанализировать больше чем 2,5 петабайта основных общедоступных данных из атласа генома рака (TCGA), чтобы произвести больше чем 900 000 сюжетов выживания, описывающих последствие РНК и уровней белка на клиническом выживании.
Атлас Патологии также содержит 5 миллионов основанных на патологии изображений, произведенных Человеческим консорциумом Атласа Белка.Профессор Матиас Ахлен, директор Человеческого консорциума Атласа Белка и лидер усилия по Атласу Патологии говорит: «Это исследование отличается от более ранних исследований рака, так как оно не сосредоточено на мутациях при раковых образованиях, но нисходящих эффектах таких мутаций через все кодирующие белок гены. Мы показываем, впервые, влияние уровней экспрессии гена, демонстрирующих власть «больших данных», чтобы измениться, как медицинское исследование выполнено. Это также показывает преимущество находящейся в открытом доступе политики в науке, в которой исследователи обмениваются данными друг с другом, чтобы позволить интеграцию огромных объемов данных из других источников».
Статья Исследования в Science1 сообщает о нескольких важных результатах, связанных с биологией рака и лечением. Во-первых, большая часть генов дифференцированно выражена при раковых образованиях – и во многих случаях – оказывают влияние на полное терпеливое выживание.
Исследование также показало, что образцы экспрессии гена отдельных опухолей, различных значительно, и, могли превысить изменение, наблюдаемое между различными типами рака. Более короткое терпеливое выживание обычно связывалось с-регулированием генов, вовлеченных в mitosis и рост клеток и вниз-регулирование генов, вовлеченных в клеточное дифференцирование.
Данные позволили исследователям производить персонализированный масштаб генома метаболические модели для больных раком, чтобы определить ключевые гены, вовлеченные в рост опухоли.Работа зависит в большой степени от супервычислительной мощности, доступной Человеческому консорциуму Атласа Белка через Науку для Жизненной Лаборатории (SciLifeLab). По словам доктора Адила Мардиноглу, Члена SciLifeLab и лидера усилия по системной биологии в проекте: «Мы теперь обладаем невероятно мощными инструментами системной биологии для медицинского исследования, разрешения, впервые, анализа всего генома отдельных пациентов относительно последствия их профилей выражения для клинического выживания».
Команда Атласа Патологии также надеялась демонстрировать полезность нового инструмента при двух конкретных случаях рака. «Для рака легких и рака ободочной и прямой кишки, выбор предвещающих генов, определенных в Атласе, был также проанализирован в независимых, предполагаемых когортах рака, используя иммуногистохимию, чтобы утвердить образцы экспрессии гена на уровне белка», говорит Фредрик Понтен, профессор при Патологии Уппсальского университета. «Мы рады предоставить автономный находящийся в открытом доступе ресурс исследователям рака во всем мире, которые мы надеемся, поможет ускорить их усилия найти, что биомаркеры должны были развивать персонализированное лечение рака».Атлас Патологии доступен через интерактивную находящуюся в открытом доступе базу данных.