Индивидуальные различия в регуляции генов способствуют развитию многочисленных многофакторных беспорядков. Исследователи поэтому пытаются разъяснить влияние генетических вариантов (полиморфизмы единственного нуклеотида или SNPs) на экспрессии гена и на эпигенетической модификации регулирующих разделов генома (ДНК methylation). Немецко-швейцарская команда теперь изучила генетические детерминанты экспрессии гена, а также процесс ДНК methylation в человеческом гиппокампе.Проанализированы три миллиона геномных мест
Исследователи представили обширный каталог переменных местоположений в геноме – то есть, SNPs – которые затрагивают деятельность генов в человеческом гиппокампе. Определенно, они проанализировали влияние больше чем трех миллионов SNPs, распространились всюду по геному на деятельности в соседних генах и methylation смежных разделов DNA.
Специальная вещь об их работе состоит в том, что исследователи использовали недавно замороженную ткань гиппокампа, полученную во время операции на 110 стойких к лечению больных эпилепсией. Они извлекли ДНК и РНК от ткани гиппокампа и, для всех полученных образцов, используемые чипы, чтобы определить несколько сотен тысяч SNPs, а также степень methylation в нескольких сотнях тысяч местоположений (известный как CpG dinucleotides) в геноме.
Среди других исследований они измерили экспрессию гена более чем 15 000 генов, используя чипы РНК.Развитие шизофрении
Исследователи также продемонстрировали предпочтительные области, в которых непостоянно methylated CpG dinucleotides появляются в геноме, и они смогли назначить их на определенные регулирующие элементы, показав связь с заболеваниями мозга: значительная пропорция определенных SNPs, которые индивидуально влияют на ДНК methylation и экспрессию гена в гиппокампе также, способствует развитию шизофрении. Это подчеркивает потенциально значительную роль, которую играет SNPs с регулирующим эффектом в развитии заболеваний мозга.
Результаты исследования сделают значительно легче интерпретировать доказательства генетических связей с заболеваниями мозга в будущем. Из SNPs, вовлеченного в развитие заболеваний мозга, многие из определенных в последние годы расположены в некодирующей части генома.
Их функциональный эффект в клетках поэтому в основном неясен.Важным фактором в успехе проекта было тесное сотрудничество между Базельскими университетами, Бонном и Кельном.
Это сотрудничество поддержано Консорциумом IntegraMent, который спонсируется Федеральным министерством Германии Образования и Исследования и координируется профессором Маркусом Нотэном из Боннского университета.