Все это началось с проекта GTEx, который нацелился на создание справочной базы данных и банка ткани ученых, чтобы учиться, как геномные варианты затрагивают восприимчивость болезни и активность гена. GTEx был разработан к образцу как можно больше тканей от большого количества людей, чтобы понять причинно-следственные связи генов и вариантов, и какие ткани способствуют склонности к болезни. «Данные GTEx позволяют нам задавать вопросы о наследственной изменчивости и ее эффектах на экспрессию гена и в одной ткани и через многие ткани. Начиная с образцов мы используем, все прибывают от умерших дарителей, мы должны узнать, были ли изменения в экспрессии гена, связанной со смертью или время смерти, таким образом, мы могли лучше смоделировать наши предсказания изменения между тканями или при болезни», объясняет Родерик Гуиго, ведущий автор этого исследования и координатор Программы Биоинформатики и Геномики в CRG.Чтобы понять определенные для ткани изменения экспрессии гена после смерти человека, Roderic Guigo и его коллеги изучили упорядочивающие РНК данные более чем 7 000 образцов от 36 различных тканей, полученных от 540 дарителей в рамках проекта GTEx.
Они показывают, что время начиная со смерти имеет эффект на экспрессию гена и что этот эффект варьируется от ткани до ткани. Авторы разработали модели для предсказания посмертного интервала на основе этих определенных для ткани изменений экспрессии гена, используя высокую пропускную способность, упорядочивающую из клетки.«Мы нашли, что много генов изменяют выражение по относительно коротким посмертным интервалам, в в основном ткань определенный способ.
Эта информация помогает нам лучше понять изменение, и также это позволяет нам определять транскрипционные события, вызванные смертью в организме», добавляет Педро Г. Феррейра, Выпускник CRG в настоящее время в Институте Молекулярной Патологии и Иммунологии, Университета Порту в Португалии.Исследователи изучили эффект различных ковариантов согласно биологическому анализу.
Модель могла быть далее улучшена, чтобы сделать его применимым к сценарию судебной экспертизы и разработать протокол для потенциального внедрения в судебной медицине.