Эти результаты, показанные сегодня по своей природе в газете во главе с Pardis Sabeti Широкого Института и Гарвардского университета, являются результатом анализа 174 вирусных геномов Зика – включая крупнейшую коллекцию новых вирусных геномов Зика до настоящего времени – упорядоченный от пациента и образцов москита, собранных в 11 пострадавших странах и территориях.Геномные данные позволили исследовательской группе восстанавливать впервые распространение вируса через Южную Америку и Центральную Америку, Карибское море, и в южные Соединенные Штаты.Во многих из этих регионов вирус циркулировал в течение многих месяцев, прежде чем местные случаи инфекции были обнаружены.
Sabeti и анализ коллег предположили, что Зика циркулировал в Бразилии около февраля 2014, за год до этого, который сообщили о национальных первых подтвержденных инфекциях. Точно так же вирус, кажется, прибыл в Колумбию, Гондурас, Пуэрто-Рико, и в другое место в Карибское море от 4,5 до 9 месяцев перед первыми подтвержденными местными инфекциями, подчеркивая важность наличия чувствительных и определенных диагностических инструментов рано при вспышке.
Эти результаты появляются только теперь, спустя месяцы после пика вспышки, потому что упорядочивание вируса Зика, оказалось, было сложно, особенно непосредственно от терпеливых образцов. Трудность возникает, потому что вирус Зика, как правило, присутствует на очень низких уровнях в пациентах и исчезает быстро. В результате очень немного геномов Зика были произведены до этого исследования, оставив исследователей с небольшим основанием для понимания, как вирус распространяется и развивается.Чтобы обратиться к этому отсутствию данных, команда разработала новые лабораторные и аналитические методы для завоевания прочного Зика геномные данные и применила их к образцам, собранным в сотрудничестве с сотрудниками в Бразилии, Колумбии, Доминиканской Республике, Гондурасе, Ямайке, Пуэрто-Рико, Массачусетсе и Флориде, чтобы произвести 110 новых геномов для этого исследования.
Команда объединила те геномы с еще 64, доступными в GenBank и в одной из двух сопутствующих бумаг исследования, чтобы выполнить их анализ.«Мы знали, что было важно понять вирусное население, стимулирующее эпидемию, которая заставила нас заниматься проблемами упорядочивания Зика», сказало исследование co-first автор Хайден Метский, аспирант в лаборатории Sabeti. «Поскольку данные, которые мы произвели, захватывают географическое разнообразие вируса через Америки, они обеспечивают возможность проследить, как и когда вирус распространился. Наши данные и результаты также поддержат развитие более эффективных молекулярных диагностических тестов, а также улучшенные инструменты наблюдения здравоохранения».Работа также подчеркивает важность быстрого создания сотрудничества, которому доверяют, между исследователями и через учреждения и регионы, и обменивания данными открыто во время вспышек.
«Это сотрудничество было о каждом партнере, разделяющем их уникальные ресурсы и экспертные знания – образцах, протоколах, исследованиях, понимании – чтобы помочь понять и бороться с Зика», сказал Тьяго Морено Л. Суза, co-ведущий-автор исследования и старший научный сотрудник из Фундакао Освальдо Круса в Rio de Janiero, Бразилия. «Разделение данных широко для той же самой конечной цели было очевидным расширением того идеала».Исследование было опубликовано вместе с двумя сопутствующими бумагами, один Кристианом Андерсеном от Научно-исследовательского института Scripps и коллегами, исследующими введение Зика во Флориду и другой Оливером Пайбусом в Оксфордском университете и коллегами, исследующими учреждение вируса и раннее распространение в и за пределами северо-восточной Бразилии. Все три команды приняли на себя обязательство обмениваться данными и идеи свободно среди себя и выпускать их результаты совместно и быстро.«Коллективно наша цель состояла в том, чтобы захватить столь полную картину генетических подкреплений эпидемии в Америках, как мы могли.
Сотрудничество было очень важно для достижения той цели», сказала co-ведущий-автор исследования Бронвин Макиннис, заместитель директора малярии и вирусной геномики в Программе Инфекционного заболевания и Микробиома Броуда. «Вместо того, чтобы конкурировать за публикацию, мы хотели, чтобы наши бумаги усилили друг друга и отразили нашу приверженность большей пользе».Зика остается значительной угрозой здравоохранения в пострадавших странах и регионах, подчеркивая потребность в длительном наблюдении и исследовании в области вируса.
По словам Макинниса, держится эпидемия, уроки о ролевой геномике могут играть в идентификации и отслеживании появляющихся вспышек рано, прежде чем широко распространенная инфекция появится.«Геномика позволила нам восстанавливать, как вирус путешествовал и изменился через эпидемию – который также означает, что геномика, возможно, помогла обнаружить его намного ранее», сказала она. «Мы были путем позади кривой на Зика.
Мы должны значительно опередить следующую появляющуюся вирусную угрозу, и у геномики может быть роль в достижении этого».