Новый тест на жидкую биопсию может обнаружить микросателлитную нестабильность (MSI) и опухолевую мутационную нагрузку (TMB), что указывает на то, что он может помочь определить, какие пациенты могут реагировать на ингибиторы иммунных контрольных точек, согласно результатам, опубликованным в журнале Clinical Cancer Research. Американская ассоциация исследований рака.
В мае 2017 г.S. Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) одобрило ингибитор иммунных контрольных точек пембролизумаб (Keytruda) для пациентов с неоперабельными или метастатическими опухолями, у которых был высокий тест на MSI (MSI-H или MSI-high) или дефицит восстановления несоответствия (dMMR). Это было первым "сайт-агностик" одобрение препарата.
Однако определение статуса MSI-H и dMMR часто является сложной задачей, объяснил ведущий автор исследования, Эндрю Георгиадис, доктор медицины, ученый из Personal Genome Diagnostics в Балтиморе. В настоящее время MSI обнаруживается с помощью биопсии ткани m и таких технологий, как амплификация на основе ПЦР или секвенирование следующего поколения. Он добавил, что эти процессы сложны и имеют ограничения чувствительности, а в некоторых образцах опухолей не хватает ткани для точного тестирования.
"Тест жидкой биопсии, оценивающий MSI, может охватить более широкую подгруппу пациентов, например тех, у которых ограничены ткани или есть проблемы с безопасностью в связи с дополнительным хирургическим вмешательством," Георгиадис сказал.
В этом исследовании исследователи стремились оценить чувствительность и специфичность метода жидкой биопсии, разработанного Personal Genome Diagnostics. Они разработали панель из 58 генов панцирного рака размером 98 т.п. Исследование было основано на 61 пациенте с запущенным раком и 163 образцах плазмы здоровых людей.
Авторы объяснили, что MSI может быть обнаружен путем измерения длины измененных микросателлитных последовательностей в опухолевой ДНК по сравнению с нормальной ДНК. В этом исследовании исследователи отметили определенные данные последовательности для исправления ошибок, а затем подвергли данные алгоритму поиска пиков, который выявил нестабильность в локусах. Если было определено, что 20 процентов или более локусов имеют MSI, образцы классифицируются как MSI-high.
Для TMB были обработаны данные секвенирования следующего поколения, и варианты были идентифицированы с помощью программного обеспечения VariantDx. Исследователи установили пять мутаций в целевой плазменной панели в качестве порога для идентификации опухолей как имеющих исключительно высокую мутационную нагрузку.
Для MSI тест показал специфичность более 99 процентов и чувствительность 78 процентов. Для TMB тест показал специфичность более 99 процентов и чувствительность 67 процентов.
Исследователи также получили плазму от 29 пациентов с метастатическим раком, включая колоректальный, ампулярный, тонкий кишечник, эндометрий, желудок и щитовидную железу. Среди них архивный анализ тканей классифицировал 23 случая как MSI-высокий и шесть случаев как микросателлитно-стабильные. Тест VariantDx обнаружил высокий MSI у 18 из 23 пациентов с высоким MSI (78.3 процента) и правильно определили шесть микросателлитных стабильных случаев.
Исследователи обнаружили, что прямое обнаружение MSI в исходной вкДНК было связано с выживаемостью без прогрессирования заболевания у пациентов, которые лечились блокадой иммунных контрольных точек. Повышение общей выживаемости не было статистически значимым.
"Наши данные также демонстрируют, что жидкостной биопсийный анализ MSI и TMB может быть более предсказуемым для иммунотерапевтического ответа, чем архивная ткань, учитывая, что это измерение как в реальном времени, так и глобальное, и устраняет неотъемлемую систематическую ошибку выборки биопсии ткани," Георгиадис сказал.
Соавтор Данг Ле, доктор медицинских наук, доцент онкологии онкологического центра Сидни Киммела в Университете Джона Хопкинса, сказал, что если результаты этого исследования будут дополнительно подтверждены и тест станет коммерчески доступным, большему количеству пациентов будут полезны ингибиторы иммунных контрольных точек.
"Большинству пациентов с запущенными неизлечимыми формами рака с опухолью с высоким уровнем MSI следует предоставить возможность лечения с помощью иммунотерапии," она сказала. "Если тесты станут более доступными, менее дорогими и потребуют меньше ресурсов, таких как сбор тканей и ресурсы патологии, можно будет протестировать больше пациентов."
Авторы отметили, что это исследование было ограничено небольшой группой больных раком. Для подтверждения результатов необходимы дальнейшие исследования, проводимые с более широким спектром типов опухолей.