Исследование опубликовано 2 апреля по своей природе Генетика.«Большинство связанных с раком мутаций происходит в областях генома за пределами генов, но есть так невероятно многие из них, что трудно знать, которые на самом деле релевантны и которые являются просто шумом», сказал ведущий автор Трей Идекер, доктор философии, преподаватель в Медицинской школе Сан-Диего UC и Онкологическом центре Moores. «Здесь впервые мы нашли приблизительно 200 мутаций в некодировании ДНК, которые функциональны при раке – и это – еще приблизительно 199, чем мы знали прежде».Когда врачи и ученые обращаются к «генам рака», они обычно говорят о нескольких сотнях известных генов, которые, когда видоизменено, ясно помогают стимулировать формирование опухоли и рост. Когда мутации происходят в генах, они могут закрыть производство белка, который кодирует ген, или заставьте работающую со сбоями версию быть произведенной.
Для некоторых из этих связанных с раком генных мутаций есть методы лечения, которые определенно предназначаются для мутации, чтобы затормозить рост опухоли, усилие, известное, как персонализировано или медицина точности.Ideker и команда задались вопросом обо всем другом, не кодируя мутации при раке.
Почти никакой пациент с раком не получает те же самые мутации. Таким образом, каковы все эти мутации, делающие? Они – просто шум?
Или действительно ли они функциональны? И как они отличаются между пациентами?Исследователи ранее попытались искать ответ в The Cancer Genome Atlas (TCGA), базе данных Национальных Институтов Здоровья геномной информации больше чем от 15 000 человеческих опухолей, представляющих много типов рака. Но они нашли только одну некодирующую мутацию, которая, казалось, играла роль в раке (это назвало TERT).
Согласно Ideker, те предыдущие попытки просто не могли подойти некодирующие мутации к поведениям раковой клетки. Его команда также полагалась на данные TCGA, сравнивая образцы опухоли 930 больных раком к нормальным образцам ткани от тех же самых пациентов, но на этот раз исследователи добавили дополнительный шаг.«Секретный соус должен был искать изменения в экспрессии гена», сказал Идекер, который является также основателем Центра Сан-Диего UC Вычислительной Биологии и Биоинформатики и соруководителя Инициативы Карты Раковой клетки.
После нахождения почти 200 некодирующих мутаций, которые изменяют экспрессию гена, команда проверила трех из них в лаборатории. Они копировали некодирующую мутацию в клетках и наблюдали получающиеся изменения в экспрессии гена.
«Одним примером, который выделился, была некодирующая мутация, затрагивающая ген под названием DAAM1», сказал первый автор Вэй Чжан, доктор философии, постдокторский исследователь в лаборатории Идекера. «Активация DAAM1 делает опухолевые клетки более агрессивными, и лучше способными вторгнуться в окружающие ткани».Затем, исследователи попытаются объединить эти некодирующие мутации с кодированием мутаций и определить, есть ли подтипы – определенные типы рака молочной железы, у которых есть общий образец и кодирующих и некодирующих мутаций, например.
Их цель состоит в том, чтобы найти действия для этой информации, такой как, есть ли у пациента конкретный образец мутации, который может дать диагностические или предвещающие представления или сообщить конкретному подходу к терапии.