Eprobe, высокоэффективный и надежный флуоресцентный зонд для методов ПЦР-амплификации ДНК и анализа ДНК в экспериментах по гибридизации, был разработан исследователями из RIKEN и японской фирмы K.K.ДНКФОРМА. Эта технология позволит разрабатывать новые передовые методы генетического тестирования на основе ДНК и поможет донести до пациентов в клинике преимущества полногеномных исследований секвенирования.
Такеши Ханами, Дайан Делобель и коллеги из Центра технологий естественных наук RIKEN, Профилактическая медицина RIKEN & Инновационная программа диагностики и K.K.Отчет DNAFORM о разработке нового молекулярного зонда сегодня в журнале PLOS ONE.
ПЦР для полимеразной цепной реакции – это простой и недорогой метод амплификации ДНК, широко используемый для анализа ДНК и РНК в лабораториях биологических наук. ПЦР также применяется в больницах для диагностики заболеваний, выявления бактерий и вирусов или в судебной медицине. Во время ПЦР небольшие количества целевых молекул ДНК копируются и быстро амплифицируются, что позволяет исследователям анализировать ДНК, тестировать или клонировать.
Эпобоны – это короткие ДНК-олигонуклеотиды, меченные двумя фрагментами флуоресцентного красителя, присоединенными к одному и тому же нуклеотиду. Во время реакции амплификации ДНК зонды связываются с вновь синтезированными фрагментами ДНК, испуская сильный сигнал флуоресценции при связывании, что позволяет исследователям отслеживать реакцию в режиме реального времени. В исследовании ученые использовали Eprobes для обнаружения генетических вариаций в генах опухолей EGFR и KRAS человека путем сочетания ПЦР в реальном времени с методом гибридизации. Они показывают, что Eprobes обеспечивают решающие преимущества перед обычно используемыми зондами для гибридизации из-за их уникального снижения фонового сигнала, повышенной аффинности связывания ДНК и очень низкого уровня ложноположительных результатов.
"Eprobe® позволяет использовать методы ПЦР в реальном времени, которые приобретают все большее значение для медицинской диагностики и многих приложений в биологических науках, поскольку они могут обеспечивать количественные результаты и повышенную надежность по сравнению со стандартными методами ПЦР," объясняет Кенго Усуи, руководитель отдела технологий генетической диагностики в RIKEN Center for Life Science Technologies.
"Эта новая технология позволит разрабатывать передовые форматы анализов для одновременного обнаружения нескольких генов-мишеней, например, при диагностике опухолей" объясняет Такеши Ханами, первый автор статьи.
"Мы очень рады потенциалу новых Eprobes", комментирует Маттиас Харберс, приглашенный научный сотрудник отдела геномных технологий Центра технологий естественных наук RIKEN и руководитель проекта разработки Eprobe. "В реакциях Eprobes действовали как флуоресцентные красители, специфичные для последовательности, что дает им большой потенциал для использования в качестве зондов для гибридизации не только в ПЦР и анализе кривой плавления, но и в других важных приложениях, таких как, например, флуоресцентная гибридизация in situ или FISH."