Очистка древней ДНК человека

человек

БОСТОН — С геномами Otzi, 5 300-летнего арктического путешественника, и даже Neandertals, льющегося из лабораторий упорядочивания ДНК в последнее время, Вы могли бы думать, что это – теперь кусок пирога для подбирания всего генетического кода древнего человека. Но оказывается, что те исследования использовали исключительно чистые образцы ДНК, взятой от человеческой кости, зуба, волос или другой ткани, как правило, сохраненной в мерзлом грунте, льду или холодной полости. Чаще, останки человека, найденные учеными, сидели в почве, достаточно теплой для предоставления крова бактериям, какое болото ДНК человека с их генами и делает ее слишком дорогостоящей для анализа.

Умный новый метод для очищения древних образцов ДНК человека — сообщил здесь на прошлой неделе на годовом собрании американского Общества Человеческой Генетики — мог изменить это, как бы то ни было.Средний древний образец ДНК, взятый от, скажем, человеческого зуба или кости, часто является меньше чем 1%-ми короткими, ухудшенными частями ДНК человека; остальное – бактериальная ДНК. Несмотря на то, что ученые могли упорядочить этот gemisch, они должны будут управлять образцами через свои последовательные машины много раз для увеличивания масштаб части ДНК человека, и это не стоит стоимости. Вместо этого исследователи часто подготавливают протяжения современной ДНК человека, примерно соответствующие генам или последовательностям, которыми они интересуются и используют эти так называемые исследования для фильтрации образца. (Современная и древняя ДНК человека достаточно подобна, что исследования будут придерживаться древней ДНК.), Но это все еще дорого, и это показывает последовательность только подмножества генома.

Бригада в Стэнфордском университете теперь придумала лучшую идею. Постдокторский исследователь Мередит Карпентер и другие в лаборатории Карлоса Бустаманте сделали их исследования из РНК вместо ДНК, которая является “супер дешевой”, говорит Бустаманте. Они нашли способ сделать достаточно исследований РНК для покрытия всего генома среднего современного человека.

Исследование имеет химическую группу, придерживающуюся специальных бусинок, поэтому когда исследователи смешивают исследования с древним образцом ДНК, они могут смыть нечеловеческую ДНК. Последний шаг должен использовать жующий РНК фермент для избавлений от исследований, оставляя только чистую древнюю ДНК человека, которая может тогда питаться в машину упорядочивания генома.

Когда исследователи проверили этот метод фильтрации на дюжине древних костей, зубов и образцов ДНК волос от 500 до 3 500 лет, они подобрали вдвое к 13-кратной более человеческой генетической последовательности от образцов, чем они могли иметь путем простого упорядочивания смеси то же количество раз. Эта более высокая резолюция привела к новой информации об образцах. Например, в то время как ранее они могли только сказать, что больше чем 2 500-летний зуб Бронзового века из Болгарии был европейским, они могли теперь сузить его этническое происхождение к центральному или южно-европейскому.

Бригада также смогла решить, что больше чем у 500-летней перуанской мамы не было европейской родословной как испанские исследователи требуемой.Этот новый метод “существенно увеличит число образцов, поддающихся целому последовательному геному”, сказал Бустаманте в разговоре на конференции. (Исследование также казалось онлайновым в тот день в американском Журнале Человеческой Генетики.) Он и его коллеги теперь пробуют его на древней ДНК собаки для объяснения окультуривания собак.

Они также думают, что подход мог бы пригодиться для современных судмедэкспертов, имеющих дело с испорченными бактериями образцами ДНК человека, а также для микробовых исследователей геномики, которые должны удалить ДНК человека загрязнителя из образца.Метод “супер захватывающий и очень интересный”, сказал генетик Дэвид Рейч из Гарвардского университета, изучающий геном Neandertal на встрече.

Он говорит Науке в электронном письме, что существуют образцы Neandertal, имеющие достаточно ДНК к последовательности, но это не стоит того, потому что они слишком загрязнены бактериями. “Я думаю, что еще неизвестно, станет ли подход практическим методом для целого генома, последовательного из этих трудных, но важных древних образцов ДНК, но я думаю, что захватывающе, что это даже мыслимо”.


VIRTU-VIRUS.RU