Когда Ваши гены работают правильно, они функционируют как миниатюрные фабричные руководители предприятия, направляя производство поддерживающих жизнь белков. Но иногда, ген идет жулик и производит злокачественную опухоль вместо этого. Когда эксперты по раку определяют эти дефектные гены, они могут разработать планы лечения на основе прошлых доказательств.Однако до сих пор данные, связывающие наследственные факторы и результаты лечения, были распространены среди сотен академических журналов.
Потребовались бы дни для врачей, не делая ничего иного, чтобы найти и прочитать все эти отчеты. Теперь, они могут быть в состоянии провести то время, предоставляющее оптимизированное лечение вместо этого.Обещание eGARDeGARD – система глубокого анализа текста, которая анализирует слова и фразы в медицинской литературе, чтобы найти отношения между геномными аномалиями и ответами препарата.«У клиницистов нет времени читать все отчеты и литературу для каждой опухоли», сказал Питер Макгарви, автор исследования и адъюнкт-профессор биохимии в Джорджтаунском университете. «eGARD – способ помочь появиться важные для клиницистов, медицинских генетиков или возможно компаний, которые уже делают это другими способами».
Исследовательская группа применила eGARD примерно на 36 000 резюме статьи, восстановив 50 генов и 42 лекарства от рака, включая ингибиторы клеточного цикла, ингибиторы киназы и лечение антитела.Исследовательская группа сначала обучила систему определять признаки генетических аномалий с очень научными названиями, такими как «сверхвыражение ERCC1» или «C677T и полиморфизмов A1298C гена MTHFR».Затем они обучили его искать текст, предлагающий способы лечения, такие как «значительно более плохой ответ» или «выживаемость». Затем, они искали слова и фразы, соединяющие генетическую аномалию и результат, такие как «коррелят», «партнер», или «делаться чувствительным».
Извлекая и обрабатывая основные части текста, eGARD может согласовать генетические подписи с результатами с 95-процентной точностью.«Мы надеемся, что это могло иметь значение для онкологов и больных раком одинаково», сказал автор исследования Виджай Шэнкер, преподаватель информатики и вычислительной техники в UD.Исследователи UD разработали кодекс и обработку данных для eGARD, и клинически сосредоточили исследователей в Джорджтауне, обеспеченном случаи использования, терминологию, курировал наборы данных и понимание на том, какая информация была самой важной для клиницистов, работающих в медицине точности. Обе группы проверили и усовершенствовали систему.
Команда сделает общественный интерфейс для eGARD. Это может также быть включено в другое программное обеспечение в конечном счете.