Вспышка листерии, убившая три и побудившая компанию мороженого Техаса Синий Bell Creameries вспоминать каждые из своих продуктов в конце прошлого месяца, является последним примером того, как генетическая эпидемиология изменяет диагностику болезней пищевого происхождения. Два года назад американские Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) в Атланте начали пилотную программу для упорядочивания ДНК каждого образца листерии, связанного с болезнью в США — все сказали, приблизительно 800 в год.“Теперь, когда мы поворачиваем целый геном, последовательный на, мы идентифицируем вспышку после вспышки”, говорит Брендан Джексон, медицинский эпидемиолог с CDC. “Мы также находим меньшие вспышки, которые мы не смогли найти прежде”.
Они также находят их происходящий в ранее неподозреваемых продуктах от яблок карамели до мороженого.Новый метод обнаружения может идентифицировать промежутки в системе безопасности пищевых продуктов, особенно, когда используется вместе с подобными усилиями Управления по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) для упорядочивания образцов от еды и от мест, где пища приготовлена от фабрик до центров дистрибуции, говорит Джексон.
В Синем чехле Звонка сообразительная медсестра была первой для соединения пяти случаев в Канзасе с испорченным мороженым. Больше года Профилактика Инфекции и координатор Контроля Карен Балли в Через Кристи Хилт в Уичито и остальную часть бригады искали что-либо для связывания инфекций, начавшихся с единственной болезни в январе 2014.
Традиционные эпидемиологические инструменты ничего не показали. Учеты диеты были неокончательными, и образцы листерии от первых четырех пациентов казались несвязанным использованием стандартного метода для анализа ДНК.Когда пятый пациент заболел в начале 2015, стандартный анализ ДНК наконец показал ссылку на предыдущий случай — терпеливое число три.
Канзас послал образец в CDC для подтверждения. Последовательный целый геном показал, что два образца листерии были почти совершенным матчем. “Это походило ‘ага’ момент”, Чертовский говорит.
Но у них все еще не было источника. Чертовский и ее бригада обыскивал отзывы FDA и здравоохранение listservs для отчетов испорченных продуктов. Ничто. Затем она слышала о качественной проблеме с одним из их поставщиков — Синее мороженое Звонка.
Неизвестный Чертовскому, выборка FDA подняла листерию в Синем центре дистрибуции Звонка в Южной Каролине, и инспекторы проследили его до производственного объекта в Техасе. Без объяснения Синий Звонок прекратил поставлять свои самые популярные продукты больнице Балли.Чертовский названный государственным отделом здравоохранения. Они вошли в контакт с FDA, только что упорядочившей испорченные образцы мороженого.
Когда они сравнили те результаты с образцами CDC, они нашли другой матч. CDC тогда изучила другие нерешенные случаи листерии. Путем упорядочивания образцов все еще в хранении, они подтвердили пять дополнительных случаев, отнесясь ко времени 2010.“Это не что-то, что мы видели прежде — способность посмотреть на случаи до сих пор назад”, говорит Джексон.
И несмотря на то, что потребовалось много инструментов для прослеживания текущей вспышки, целый геном, последовательный “, имел все значение”, говорит он.До настоящего времени у следователей было два главных инструмента для прослеживания случаев: интервью диеты и анализ ДНК известны как генетический фингерпринтинг. Снятие отпечатков пальцев показывает градус, с которым связаны два различных образца ДНК. Но это не на 100% точно — в некоторых случаях, различные бактериальные штаммы могут казаться связанными, и подобные напряжения, может казаться, не связаны.
Последовательный целый геном, напротив, позволяет ученым точно сравнивать каждую пару азотистых оснований ДНК в образцах, давая им “намного более острый взгляд на сходства и различия в напряжениях”, говорит Джексон. Процесс занимает больше времени — 72 часа у испытания по сравнению с 48 часами — и это стоит больше. Цель CDC состоит в том, чтобы создать национальную базу данных DNA для патогенов пищевого происхождения от клинических образцов, которые могли быть объединены с уже существующей базой данных FDA патогенов пищевого происхождения от еды и экологических образцов. Управление планирует добавить другие болезни пищевого происхождения, включая сальмонеллу и наиболее распространенное вызывающее болезнь напряжение кишечной палочки, к проекту в течение 3 лет.
Но продвижение к подготовке всесторонней национальной сети было возрастающим, потому что только два государства могут в настоящее время выполнять свое собственное последовательное. Остальные должны послать их образцы в центральные лаборатории CDC.
И потому что бремя находится на государстве для отправки в образцах, некоторые идут неупорядоченные. Но технология может сделать, больше, чем просто идентифицируют вспышки, по словам Роберта Токса, заместителя директора Отделения CDC Передающихся через воду, и Экологических Болезней Пищевого происхождения.“Упорядочивание целого генома сияет новый свет в этой области, помогающей нам найти неподозреваемые промежутки в системе безопасности пищевых продуктов”, говорит он. Мороженое, например, редко проверялось на листерию до Синей вспышки Звонка.
Но в недели с тех пор, несколько государств сказали, что испытание листерии в мороженом теперь будет частью их режима. “Нахождение этих вспышек, связанных с продуктами, которые мы никогда не подозревали прежде, является очень удивительной вещью”, говорит Токс. “Это – призыв к действию к промышленности мороженого в целом и к регуляторам”.