Среди бактерий Сальмонелла печально известна: Одно напряжение вызывает тиф и распространяется с готовностью среди людей, часто из-за несоответствующей санитарии или гигиены, приводя к миллионам случаев в год. Думайте Тифоид Мэри, печально известный нью-йоркский повар. Другое напряжение, известное как nontyphoidal Сальмонелла (NTS), вызывает миллионы случаев пищевого отравления каждый год и обычно заключается путем потребления недоваренного мяса или яиц. Существует менее известный родственник также, агрессивная nontyphoidal Сальмонелла (iNTS), который также вызывает серьезную болезнь в людях — и, кажется, взорвался в Африке к югу от Сахары за прошлые 50 лет.
Часто путаемый с малярией, потому что это вызывает высокую температуру, iNTS убивает до половины взрослых, которых это заражает. Новое исследование издало онлайн вчера по своей природе, Генетика предлагает провокационное объяснение своего успеха в Африке к югу от Сахары: Напряжения развились, которые, кажется, распространяются от человека человеку, в отличие от другого NTSs. Эти напряжения, возможно, использовали в своих интересах «нишу», созданную появлением ВИЧ, наносящего вред иммунным системам и делающего людей более ранимыми.Бригада во главе с Гордоном Дуганом, молекулярный микробиолог в Институте Wellcome Trust Sanger в Кембридже, Великобритания, сообщает, что группа полностью упорядочила 129, изолирует Сальмонеллы Typhimurium из семи расположенных к югу от Сахары африканских стран, собранных между 1988 и 2010.
Они тогда сгруппировали изолирование в родословные и нашли два отличных происхождения. Дальнейшие исследования показали что появление и распространение обоих происхождений, перекрытых с тем из ВИЧ на континенте. «Это – востребованная демонстрация того, как методы эволюционного анализа, развитого для вирусов, могут быть применены к бактериальным патогенам, если полные данные о геноме доступны», говорит Оливер Пайбус, эволюционный биолог в Оксфордском университете в Соединенном Королевстве, изучающий ВИЧ, грипп и вирусы гепатита С.Дуган и его бригада копались в развитии и распространении iNTS, потому что много вопросов остаются о его распространенности и маршрутах передачи.
Происхождение эпидемий также очаровывает много исследователей, потому что оно позволяет им использовать молекулярную и эпидемиологическую судебную экспертизу для изложения в деталях исторических деталей.Известно, что ВИЧ и свободный ущерб, который это наносит, делают людей более ранимыми к iNTS, также, как и недоедание и малярия в детях. Оценки iNTS смертельных случаев в детях идут целых 27% и достигают 47% во взрослых.
Но большая часть эпидемиологии iNTS неизвестна, потому что инфекцию трудно диагностировать в местах, это происходит. «Часто, наблюдение болезни в этих областях не хорошо», говорит Дуган. «Вам нужен к культуре организм для определенной идентификации его. Но мы ясно говорим об очень значительной проблеме в Африке, потенциально десятки тысяч пациентов каждый год».
Дуган работал с международным консорциумом для сбора образцов из Малави, Мали, Кении, Нигерии, Демократической Республики Конго, Мозамбика и Уганды. Его группа сравнила генетические последовательности этих Typhimurium serovars — короткий для вариантов серотипа, более сложного описания напряжений — к более общим, вызывающим гастроэнтерит и тиф.
В то время как общие NTS serovars имеют широкую генетическую дивергенцию, предлагая многократные введения из различных источников животных, те для iNTS в Африке к югу от Сахары тесно связаны и были, вероятно, представлены несколько раз и затем распространение через населения. «Замечательно, что это такие плотно сгруппированные наборы организмов, и довольно ясно, что это – эпидемия», говорит Дуган.Лучше понимание передачи болезни является ключевым для управления им. Много ученых долго полагали, что Typhimurium распространяет тот же способ, которым делают другие NTSs: спрыгивание с животных людям и затем удару тупика.
Но новое исследование предполагает, что эти два происхождения Typhimurium имели генетические изменения, делающие их более подобными тифу и таким образом способными к распространению от человека человеку.Результаты поддерживают работу Сэмюэля Кэриуки, возглавляющего Центр Исследования Микробиологии в Кении Медицинский Научно-исследовательский институт в Найроби. «Он говорил много лет, что iNTS был передачей от человека к человеку, и никто не верил ему», говорит Дуган. «Западные ученые не могли принять это, потому что это столь догматично, что NTS является зоонозным».Несмотря на то, что известно, что Typhimurium может осуществить контрейлерные перевозки на ВИЧ, случай, сделанный в газете Генетики Природы, – то, что эта Сальмонелла serovar получила точку опоры в населении и стала эпидемией только из-за вируса СПИДа — тезис, полагающийся на несколько предположений. «Замечательно предложить возможность, что существует причинная связь, но в конце дня это – довольно классическая корреляция», говорит Майкл Уороби, эволюционный биолог в Аризонском университете в Тусоне, специализирующийся на происхождении ВИЧ. «Действительно довольно возможно, что датирование выключено достаточно так, чтобы [болезнетворный аргумент] не был целесообразен».
Новое исследование показывает что, что исследователи называют происхождением, я сначала появился в Малави уже в 1920, и что происхождение II появилось уже в 1957 в Демократической Республике Конго. Задокументированная ВИЧ-инфекция самая на ранней стадии является 1959 в столице Конго, Киншасе. «Это, конечно, географически не выпрыгивает во мне и говорит, что следует за географическим и временным путем, чем ВИЧ», говорит Уороби.Поздравление Worobey Дуган и коллеги для их «крупного бактериального последовательного анализа».
Но он отмечает, что существует большая неуверенность в их вычислениях: Происхождение I, например, возможно, появилось где угодно между 1920 и 1960.Дуган возражает, что «временные корреляты очень сильны».
Но он соглашается с Worobey, что их исследования извлекли бы выгоду из больше и более старые образцы. «Это – наиболее исчерпывающие данные до настоящего времени», говорит Дуган. «На полевых местах мы работаем с, сотрудники являются очень высококачественными, но существует намного больше работы, которая будет сделана по этой проблеме».