В 2012 году профессор Йерун Раес (Центр микробиологии VIB-KU Leuven) запустил проект Flemish Gut Flora. Секвенирование образцов кала более 3000 здоровых добровольцев, проф. Раес и его команда определили границы нормальной кишечной микробиоты, связанной со здоровьем. Затем команда обратилась к группам пациентов, чтобы определить изменения микробиома, связанные с заболеваниями. Недавно они описали так называемый энтеротип B2, дефицитный по некоторым противовоспалительным бактериям. Сегодня их результаты о высокой распространенности этого конкретного энтеротипа при множественных диагнозах опубликованы в журнале Nature Microbiology.
Сравнение микробиомов
Воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) объединяет несколько состояний, характеризующихся хроническим воспалением кишечного тракта, включая язвенный колит и болезнь Крона. Первичный склерозирующий холангит (ПСХ) – хроническое заболевание печени, включающее воспаление и рубцевание желчного протока, часто сопровождающееся ВЗК. В своем новом исследовании ученые VIB-KU Leuven описывают состав микробиома у пациентов, страдающих ВЗК и ПСХ.
Йерун Раес из VIB-KU Leuven заявляет, что, "На протяжении многих лет многие исследовательские группы по всему миру пытались описать изменения микробиоты, связанные с заболеваниями. ВБК особенно актуальна в исследованиях микробиома. Наше исследование отличается от этих предыдущих попыток по трем направлениям. Во-первых, мы сравнили микробиоту пациентов с профилями здоровых добровольцев из нашего каталога Flemish Gut Flora Project, включающего более 3000 микробиомов. Во-вторых, в нашем анализе мы не только смотрели на процентное содержание различных бактерий, присутствующих в образцах стула, но также использовали новую технику для количественной оценки их численности. В-третьих, мы скорректировали наши результаты с учетом таких факторов, как жидкий стул, который часто является симптоматическим при изученных заболеваниях, но влияет на результаты анализа микробиома."
Микробный отпечаток болезни
Объединив свой уникальный опыт в количественном профилировании микробиома со своими знаниями об изменениях микробиоты, связанных со здоровьем, ученые из Лёвена определили измененную конфигурацию микробиома, также известную как энтеротип, с высокой распространенностью среди групп пациентов. Хотя этот энтеротип наблюдался у 13% здоровых добровольцев, его можно было идентифицировать у 38-78% пациентов с ПСХ и ВЗК.
Проф. Северин Вермейр, гастроэнтеролог UZ Leuven / KU Leuven, участвовавшая в исследовании, поясняет "Эта аберрантная конфигурация микробиома, которую мы называем энтеротипом B2, характеризуется низкой численностью бактерий и биологическим разнообразием. В нем заметно не хватает некоторых противовоспалительных бактерий, таких как Faecalibacterium. Фактически, мы обнаруживаем более высокий уровень воспаления кишечника у пациентов с энтеротипом B2. Даже среди здоровых людей носители этого энтеротипа имеют немного более высокий уровень общего воспаления слабой степени."
Воспаление кишечника, микробы и депрессия
Удивительно, но всего несколько месяцев назад лаборатория проф. Раес описал подобное изменение микробиоты, связанное с более низким качеством жизни и даже с депрессией.
Проф. Джерун Раес говорит "По-видимому, наблюдается большое совпадение изменений микробиома, наблюдаемых у разных групп пациентов. Мы обнаружили энтеротип B2 примерно у 26% людей с депрессией. Хотя было показано, что микробиота кишечника играет роль в развитии заболеваний, например, при язвенном колите и болезни Крона, для депрессии это гораздо менее очевидно. Тем не менее, мы рассмотрим связь между энтеротипом B2 и депрессией более подробно в будущих исследованиях."
Хотя около 13% здоровых людей могут быть классифицированы как носители энтеротипа B2, исследователи подчеркивают, что это не должно быть поводом для беспокойства.
Проф. Йерун Раес: "На данный момент мы не можем сделать какие-либо прогнозы восприимчивости к заболеванию или риска на основе энтеротипа человека. Более того, энтеротипы не фиксированы и могут быть изменены, например, путем изменения диеты. Наблюдаемые ассоциации между заболеваниями и микробиотой не означают, что кишечные бактерии действительно вызывают заболевание. Многие личные факторы, факторы образа жизни и окружающей среды связаны с энтеротипом B2. Однако, поскольку воспаление также оказывается фактором, связанным с B2, у некоторых людей, мы, безусловно, продолжим изучать потенциальную причинно-следственную связь."