Согласно презентации Американского общества клеточной биологии (ASCB ) 48-е ежегодное собрание, декабрь. 13-17 августа 2008 г. в Сан-Франциско.
Эти подсети предоставляют новые прогностические маркеры, представляющие наборы ко-функциональных генов, говорят ученые Калифорнийского университета в Сан-Диего (UCSD), Трей Идекер и Хан-Ю Чуанг, которые работали с Ынджунг Ли и Доэхаон Ли из Корейского института перспективных исследований. Наука и технологии в Тэджоне, Южная Корея.
U.S.-Корейские исследователи определили подсети, используя биоинформатические алгоритмы, чтобы проанализировать горы профилей экспрессии генов от больших когорт женщин с раком груди.
Данные представляли женщин с метастазами рака груди, а также пациентов, опухоли которых не распространились.
Затем профили экспрессии генов были сопоставлены с обширными сетями сигнальных путей и белковых комплексов в клетках человека, которые были выявлены в предыдущих исследованиях.
Выполняя поиск данных, исследователи определили подсети, в которых совокупные паттерны экспрессии генов отличают одну группу пациентов от другой.
Они также обнаружили множество генов, связанных с раком груди, которые не были идентифицированы предыдущими профилями микрочипов генов.
Благодаря быстрой технологии микрочипов рак теперь можно классифицировать по экспрессии генов или типам активности.
Однако классификация болезней по экспрессии генов неточна, поскольку клетки, взятые из одного образца опухоли, часто бывают гетерогенными; гены, включенные в клетках одной части опухоли, могут не быть активными в других частях опухоли.
Кроме того, профили экспрессии у ряда пациентов с "тем же" тип и степень опухоли могут существенно различаться.
Подход Идекера и Чуанга может изменить диагностику таким образом, чтобы диагноз пациента мог выходить за рамки, например, эстроген-зависимого рака груди, до определенного подтипа эстроген-зависимого рака груди с плохим или хорошим прогнозом.
U.S.-Корейские исследователи теперь расширяют свой новый комплексный анализ на другие виды рака, включая лейкемию, рак простаты и рак легких.
Они идентифицируют "реагирующий на условия" гены в сигнальных и транскрипционных путях, которые могут быть использованы в качестве меры уровней активации и могут предоставить еще один полезный инструмент для диагностики и прогноза, говорят они.
Источник: Американское общество клеточной биологии