Команда исследователей, связанных с несколькими учреждениями в Китае, обнаружила, что использование оптимизированного многоклеточного секвенирования лучше выявляет гетерогенность опухоли рака толстой кишки. В своей статье, опубликованной в журнале Science, группа описывает свой уникальный подход к пониманию прогрессирования колоректального рака.
Исследователи отмечают, что большинство генетических исследований прогрессирования колоректального рака связано с изучением экспрессии генов. Они предполагают, что необходимы дополнительные исследования, чтобы узнать, как метастазируют колоректальные опухоли. С этой целью они разработали метод секвенирования, который позволяет одновременно анализировать варианты числа копий, метилирование и экспрессию генов в отдельных клетках – метод объединяет данные секвенирования отдельных клеток с информацией о конформации хромосомы, эпигенетическими данными и другими характеристиками опухолевых клеток.
Эта работа является следующим шагом в долгосрочной попытке по-настоящему понять механизм метастазирования, особенно при колоректальных опухолях. Два года назад команда опубликовала отчет о своей работе, включающей разработанную ими технику тройного омика для одноклеточных последовательностей под названием sc Trioseq, с помощью которой они собирали информацию об экспрессии генов, метилировании в сайтах CpG и изменениях числа копий в 25 клетках, полученных от рака. пациенты.
На следующем этапе исследователи увеличили количество клеток до 1900 и повысили эффективность метода обнаружения. Исследование включало сбор образцов клеток у 12 пациентов, 10 из которых предоставили как первичные, так и метастатические данные, и их анализ. Использование клеточных данных из обоих источников позволило исследователям выделить и идентифицировать генетические линии, которые развились в результате мутаций для каждого пациента. Они использовали данные метилирования и информацию о количестве копий, чтобы идентифицировать эти клоны, что позволило им отслеживать эволюционные изменения, через которые они прошли, когда перешли от первичных опухолевых клеток к метастатическим клеткам.
Команда сообщает, что метилирование было постоянным среди клеток в пределах одной генетической линии, но отличалось по сравнению с другими линиями – и оно также отличалось от неопухолевых клеток рядом с опухолью. Они также обнаружили, что шесть хромосом показали более высокий уровень деметилирования, чем другие, три из которых имели повторяющиеся хромосомные изменения. В заключение они предполагают, что мультиомное секвенирование одной клетки предлагает лучшую возможность узнать больше о прогрессировании опухоли и распространении рака.