Пока ученые пытаются узнать больше о коронавирусе SARS-CoV-2, два недавних исследования генома вируса пришли к противоречивым выводам: а именно, что змеи являются промежуточными хозяевами нового вируса и что ключевой белок коронавируса разделяет "сверхъестественное сходство" с белком ВИЧ-1. Теперь исследование, опубликованное в журнале ACS Journal of Proteome Research, опровергает обе идеи и предполагает, что чешуйчатые, похожие на муравьедов животные, называемые панголинами, являются недостающим звеном в передаче SARS-CoV-2 между летучими мышами и людьми.
Понимание того, откуда появился SARS-CoV-2 – вирус, вызвавший пандемию COVID-19, и как он распространяется, – важно для борьбы с ним и лечения. Большинство экспертов сходятся во мнении, что летучие мыши являются естественным резервуаром SARS-CoV-2, но для перехода от летучих мышей к людям был необходим промежуточный хозяин. В недавнем исследовании, в котором анализировался геном нового вируса, предполагалось, что этим хозяином являются змеи, несмотря на то, что коронавирусы, как известно, заражают только млекопитающих и птиц. Между тем, не связанное с этим исследование сравнивало последовательность белка-шипа – ключевого белка, ответственного за попадание вируса в клетки млекопитающих – нового коронавируса с последовательностью ВИЧ-1, отмечая неожиданные сходства. Хотя авторы отозвали этот препринт после научной критики, он породил слухи и теории заговора о том, что новый коронавирус мог быть создан в лаборатории. Ян Чжан и его коллеги хотели провести более тщательный и полный анализ последовательностей ДНК и белков SARS-CoV-2, чтобы решить эти проблемы.
По сравнению с предыдущими исследованиями, исследователи использовали более крупные наборы данных и новые, более точные методы и базы данных биоинформатики для анализа генома SARS-CoV-2. Они обнаружили, что, в отличие от утверждения о том, что четыре области белка-шипа были однозначно общими для SARS-CoV-2 и ВИЧ-1, эти четыре сегмента последовательности могут быть обнаружены в других вирусах, включая коронавирус летучих мышей. Обнаружив ошибку в анализе, предполагавшего, что змеи являются промежуточным хозяином, команда провела поиск последовательностей ДНК и белков, выделенных из тканей панголина, на те, которые похожи на SARS-CoV-2.
Исследователи определили последовательности белков в легких больных животных, которые на 91% идентичны белкам вируса человека. Более того, рецептор-связывающий домен спайк-белка из коронавируса панголина имел только пять аминокислотных отличий от SARS-CoV-2 по сравнению с 19 различиями между вирусными белками человека и летучих мышей. Эти данные указывают на панголина как на наиболее вероятного промежуточного хозяина для нового коронавируса, но, по словам исследователей, возможны дополнительные промежуточные хозяева.