Покровители – регионы в геноме, которые регулируют экспрессию генов, подобную выключателю лампочки. Используя ультрачувствительную технику под названием НАНОЧИП-seq, команда рассмотрела пейзаж покровителя для GC, чтобы лучше понять эпигенетические механизмы, способствующие развитию GC.
Команда нашла, что в GCs, генные покровители – dysregulated способом, который изменяет аллергенный профиль опухоли, чтобы уклониться от иммунной системы тела. Исследование, опубликованное в ведущем журнале Cancer Discovery, вовлекло ученых и клиницистов из Медицинской школы NUS Герцога, Института Генома Сингапура, Научного Института Рака Сингапура (CSI Сингапур) в Национальном университете Сингапура (NUS) и National Cancer Centre Singapore (NCCS).«Используя платформу НАНОЧИПА-seq, изобретенную в Сингапуре, мы создали всесторонние эпигенетические профили и для GC и для нормальных тканей», объяснил руководитель группы профессор Патрик Тан. «Эпигенетика – процесс, которым ДНК клетки химически изменена окружающей средой, чтобы изменить экспрессию гена. Сравнивая эпигенетические профили опухолей желудка к нормальным тканям от того же самого пациента, мы смогли опознать тех покровителей, определенно измененных в тканях GC».
Профессор Тан – Преподаватель Медицинской школы NUS Герцога, заместитель исполнительного директора Биомедицинского Научного совета в Агентстве для Науки, Технологии и Исследования (A*STAR), и также Главный Научный руководитель в Сингапуре CSI и Научный руководитель в NCCS.Точно так же, как, как светом могут управлять многократные выключатели, чтобы влиять на его интенсивность и цвет, команда определила сотни генов, которыми управляют многократные покровители, заставив альтернативные версии того гена быть произведенной. Команда продемонстрировала, что некоторые из этих генных вариантов способны к стимулирующему росту рака. Поразительно, команда также нашла, что многие из этих дополнительных генных вариантов, произведенных в опухолях желудка, менее вероятно, будут, также стимулировать иммунную систему по сравнению со своими нормальными коллегами.
«Наши данные, объединяя вычислительное, экспериментальное испытание и исследования человеческого рака желудка, указывают, что использование этого меньшего количества immunogenic вариантов может увеличить способность опухоли обойти иммунную систему хозяина. Этот процесс упоминается как опухоль immunoediting», добавила г-жа Адити Камра, аспирант в Институте Генома Сингапура и первый автор этого исследования. Она – также аспирант с Отделом Физиологии в Медицинской школе Ён Лу Линя NUS.
Результаты обеспечивают важное понимание механизмов, используемых в развитии рака, и могут иметь последствия для иммунотерапии рака. В то время как нанесение удара клинических ответов было замечено в некоторых пациентах, отнесся с иммунотерапией, эти наркотики дорогие, связаны с побочными эффектами, и не все пациенты поддаются лечению. Результаты команды предполагают, что изучение профилей покровителя опухолей может возможно опознать тех пациентов, которые были бы отзывчивы к иммунотерапии.
Кроме того, команда также определила клеточные пути, требуемые клеткой опухоли поддержать выражение меньшего количества immunogenic генных вариантов. Команда теперь исследует, если быть планированием эти пути, объединенные с иммунотерапией, может увеличить пропорцию пациентов, которые могли бы ответить на такие наркотики.Резюме ключевых результатовNano-ChIPseq позволяет всестороннюю идентификацию элементов покровителя, используя небольшие количества ткани, открывая способность проанализировать образцы, полученные непосредственно от пациентов.
Измененные покровители в GC изменяют профиль экспрессии гена клеток GC и могут присудить его опухолеродные свойства, включая движение клетки и передачу сигналов рака.Генные варианты, связанные с GC, изменились, покровители испытывают недостаток в immunogenic N-terminal-lacking пептиды, увеличивая способность опухолей желудка уклониться от иммунной реакции родного тела.