Согласно новому исследованию, опубликованному в The Lancet Infectious Diseases, ученые впервые применили секвенирование ДНК, чтобы эффективно отслеживать распространение и в конечном итоге сдерживать вспышку метициллин-устойчивого золотистого стафилококка (MRSA).
Этот метод позволил исследователям составить карту и контролировать вспышку MRSA в специальном детском отделении (SCBU) гораздо более эффективно, чем могли бы позволить только традиционные методы инфекционного контроля, что дает надежду на то, что в будущем лечение MRSA и других вредоносных бактериальных инфекций может значительно улучшиться за счет рутинного использования технологий секвенирования ДНК.
Исследователи из Wellcome Trust Sanger Institute, Кембриджского университета и больниц Кембриджского университета первоначально выполнили метод секвенирования ДНК, известный как полногеномное секвенирование, на изолятах MRSA, взятых у 12 младенцев, которые, как известно, носили MRSA в течение 6 месяцев в 2011 году.
Когда впервые возникли инфекции MRSA, группа инфекционного контроля, работающая в больнице, подозревала, что эти случаи связаны, но это не могло быть доказано с помощью традиционных методов отслеживания и характеристики вспышек, а также не было ясно, как распространяется инфекция и в чем ее причина. источник может быть. В попытке остановить распространение инфекции группа инфекционного контроля рекомендовала стандартные меры деколонизационного лечения для искоренения MRSA от носителей и тщательную очистку палаты, где произошла инфекция.
Когда ученые ретроспективно выполнили секвенирование ДНК этих изолятов MRSA, они смогли подтвердить, что штаммы MRSA были тесно связаны, и что наблюдаемые случаи MRSA, следовательно, были частью вспышки. Более того, расширив свой анализ, включив в него образцы от родителей и посетителей приемных врачей, они смогли определить, что вспышка распространилась на сообщество, заразив вдвое больше людей, чем предполагалось ранее.
Пока проводился этот ретроспективный анализ, бригада инфекционного контроля больницы выявила новый случай носительства MRSA в специальном детском отделении, более чем через 2 месяца после того, как последний MRSA-положительный пациент покинул отделение и палата была глубокой. очищенный. Исследователи использовали быстрое секвенирование ДНК, чтобы показать, что новый случай MRSA был связан с более ранней вспышкой, что привело их к гипотезе о том, что один из сотрудников больницы мог невольно быть носителем штамма MRSA, выявленного несколько месяцев назад, что позволило этому же штамму заразиться. еще один пациент через несколько месяцев после первоначальной вспышки и мер инфекционного контроля.
В результате этого 154 медицинских работника прошли скрининг на MRSA, и у одного сотрудника был обнаружен тот же штамм MRSA, что и при вспышках. Затем рабочего лечили, чтобы искоренить носительство MRSA, и вспышку удалось локализовать.
По словам профессора Джулиана Паркхилла, ведущего автора из института Wellcome Trust Sanger в Кембридже, Великобритания, "Регулярное использование секвенирования ДНК могло бы выявить эту вспышку MRSA на 6 месяцев раньше, чем стандартные методы, и могло бы предотвратить серьезные заболевания и расходы, связанные с передачей MRSA и последующей инфекцией. Полногеномное секвенирование MRSA может внести важный вклад в исследования и практику борьбы с инфекциями, позволяя быстрее идентифицировать, отслеживать и изолировать вспышки, чем это возможно в настоящее время."
Это первое исследование, в котором секвенирование ДНК использовалось наряду с традиционными методами в режиме реального времени, что позволяет ученым напрямую сравнивать их и понимать, как секвенирование ДНК может быть эффективно использовано наряду с существующими методами в будущем.
"Прежде чем эту технологию можно будет использовать в повседневной клинической практике, нам потребуются автоматизированные инструменты, которые интерпретируют данные последовательности и предоставляют информацию медицинским работникам и людям, не имеющим специальных знаний в области секвенирования" говорит профессор Шэрон Пикок, ведущий автор из Кембриджского университета, добавляя, что "мы сейчас работаем над такой системой".
В комментарии по ссылке д-р Бинь Дьеп из Калифорнийского университета в Сан-Франциско, США, заявляет, что, "Появление высокопроизводительного полногеномного секвенирования может произвести революцию в расследовании вспышек заболеваний, обеспечив существенный прогресс в нашей способности различать различные штаммы по сравнению с традиционными молекулярными методами."